Dış Kaynaklı Proje Süreçleri Yönetim Sistemi
Somel M. (Yürütücü), Kazancı D.
Cüzzam Mycobacterium leprae'nin neden olduğu kadim bulaşıcı hastalıklardan biridir. Diğer birçok bulaşıcı hastalık gibi göç, ticaret ya da savaşların neden olduğu insan hareketliliği ile dünya üzerinde yayılım göstermiştir. Cüzzamın köken aldığı coğrafya, dünya üzerindeki yayılma rotaları ve M. leprae'nin genom evrimi özellikle Avrupa merkezli birçok genetik çalışmanın odak noktası olmuştur. İlk genetik çalışmalar M. leprae suşlarının 4 ana 16 alt SNP haplotipi olduğunu göstermiş ancak bu veriler hastalığın köken aldığı coğrafyaya ışık tutamamıştır. Takip eden genetik çalışmalarda farklı bölgelere ve zaman aralıklarına ait modern ve antik M. leprae genom verisi elde edilmesine rağmen cevaplanmayı bekleyen sorular hala yanıt bulamamıştır. Bu sorun, Doğu ve Güney Doğu Asya, Avrupa, Afrika ve Amerika bölgelerine ait M. leprae suşlarının yeterli sayıda analiz edilmesine rağmen, özellikle Yakın Doğu ve çevresine ait genom verisinin eksikliğinden kaynaklanmaktadır. Bu kapsamda Anadolu coğrafyası büyük öneme sahiptir. Avrupa'dan elde edilen genomların analizlerine dayanarak cüzzamın kökeni ve yayılımına dair iki hipotez ileri sürülmüştür. Birinci hipoteze göre, cüzzam ilk olarak Batı Avrasya'da ortaya çıkmış ve oradan tüm dünyaya yayılmıştır. İkinci hipoteze göre ise, farklı bölgelerden farklı Mycobacterium leprae suşları zaman içerisinde Avrupa'ya aktarılmış ve böylece Avrupa'da gözlenen yüksek genetik çeşitlilik ortaya çıkmıştır. Önerilen projede analiz edilecek Bizans ve Osmanlı Dönemi örnekleri ile bu iki hipotezi test ederek cüzzam hastalığın evrimsel sürecinin ve dünya üzerindeki yayılım rotalarının anlaşılmasına katkı sağlanacaktır.
Önerilen proje ile Anadolu?dan 5 farklı kazı alanından Bizans Döneminden Geç Osmanlı Dönemine kadar olan zaman aralığına tarihlenen, paleopatolojik analizlerle cüzzam lezyonu taşıdığı düşünülen insan kalıntılarından Mycobacterium leprae DNA'sı elde edilmesi ve tüm genom verisine ulaşılması hedeflenmektedir. Bu veriler Güneybatı Avrasya?dan yayınlanacak ilk genom verileri olacaktır. Mycobacterium leprae genomlarının yanısıra, bireylerin kendi genom verileri de elde edilecek ve bu sayede M. leprae suşlarının çeşitliliği ile konak organizma olan insan popülasyonunun çeşitliliği karşılaştırılarak cüzzamın köken aldığı coğrafya ve yayılım rotalarına dair yorum yapılabilecektir.
Yöntem
Çalışma için cüzzam lezyonları tespit edilmiş 10 iskelet seçilmiştir. Bunlar Bizans dönemine tarihlenen Kovuklukaya?dan (Sinop) 5 birey, İznik Tiyatro Kazısı (İznik, Bursa), Kadıkalesi (Kuşadası, Aydın) ve Sagalassos?tan (Ağlasun, Burdur) 1?er birey ve Geç Osmanlı dönemine tarihlenen Salattepe?den (Bismil, Diyarbakır) 2 bireydir. Bu 10 bireye ait iskeletteki lezyonlardan ve dişten toplam 35 ve bireylerin petrus kemiklerinden 10 olmak üzere 45 tüm genom kütüphanesi oluşturulacak ve bunlar M. leprae ve insan DNA'sı içerikleri açısından taranacaktır. Elde edilen insan genom verileri popülasyon genetiği ve akrabalık analizlerinde, M. leprae genom verileri de filogenetik analizlerde kullanılacaktır. Ayrıca C14 analizleri ile yapılacak yaş tayini sonucunda elde edilecek tarihler filogenetik ağaçta farklı haplotiplerin ayrılma zamanlarının kalibrasyonunda kullanılacaktır.
Proje, antropolojik/paleopatolojik analizleri, ıslak laboratuvar analizlerini ve hesaplamalı analizleri içeren toplam 7 iş paketinden oluşmaktadır ve projenin 36 ayda tamamlanması planlanmaktadır. Araştırma ekibinde antropoloji/paleopatoloji, moleküler biyoloji ve biyoinformatik alanında uzmanlaşmış 4 araştırmacı/danışman; 1 doktora-sonrası araştırmacı, 1 lisansüstü öğrenci ve 1 lisans öğrencisi olmak üzere 3 bursiyer yer alacaktır. Önerilen proje Hacettepe ve ODTÜ antik DNA laboratuvarlarının ıslak laboratuvar altyapısı ve ODTÜ antik DNA laboratuvarının biyoinformatik alt yapısı kullanılarak yürütülecektir.